El clima en Machupicchu es húmedo y cálido (2000 m.s.n.m. de selva). Machupicchu se encuentra en un punto estratégico entre la selva amazónica y la cordillera de los Andes, por lo que el clima es impredecible. Pero tenemos 2 estaciones bien definidas: la lluviosa y la seca.

La temporada de lluvias comienza entre los meses de noviembre y marzo con una temperatura entre 19° y 21°C.

La estación seca comienza entre los meses de abril y octubre con una temperatura entre 17 y 19 °C.

Entre los meses de junio, julio y agosto los días son cálidos con una temperatura entre 17° y 19°C. Pero las noches son más frías durante estos meses y las temperaturas bajan de cero a -2°C.